Zokora telah bermain 118 perlawanan antarabangsa untuk Ivory Coast dan merupakan pemain dengan penampilan terbanyak dalam sejarah pasukan itu.[35] Dia menjaringkan satu-satunya gol di peringkat antarabangsa ketika kemenangan 4–0 ke atas Botswana pada 22 Jun 2008 dalam perlawanan kelayakan Piala Dunia FIFA 2010.[36]

Dalam tempoh dua belas tahunnya bersama Ivory Coast, Zokora membantu Les Éléphants layak ke dua edisi Piala Dunia pada tahun 2006 dan 2010.[37][38] Dalam kedua-dua edisi, Côte d'Ivoire menduduki tempat ketiga di peringkat kumpulan.[39][40][41][42] Dalam edisi 2010 pertandingan, Zokora terpaksa bermain di posisi pertahanan ketika menentang Portugal dimana mereka seri 0–0.[43]

Semas Piala Negara-Negara Afrika di Gabon dan Equatorial Guinea, Zokora berkata dia akan bersara daripada bola sepak antarabangsa jika Côte d'Ivoire memenangi pertandingan itu.[44] Zokora bersara daripada bola sepak antarabangsa pada 28 Februari 2012,[45] susulan pertandingan itu. Tetapi Les Elephants tewas 8–7 menerusi penentuan penalti menentang Zambia dalam perlawanan akhir.[46]

Pada 1 Jun 2014, Zokora dimasukkan ke dalam skuad-23 pemain Ivory Coast oleh pengurus, Sabri Lamouchi untuk Piala Dunia FIFA 2014 di Brazil.[47]

Pada 8 September 2014, Zokora mengumumkan persaraannya daripada pasukan kebangsaan.[48]

Gol antarabangsa